Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկա
Վերլուծական և թարգմանական գենոմիկայի (ATG) Համօգտագործվող ռեսուրսը առաջարկում է բարձր թողունակության հաջորդականություն և գենոմիկայի այլ ծառայություններ ՄԱԿ-ի Համապարփակ քաղցկեղի կենտրոնի անդամներին և ՄԱԿ-ի և հարակից հաստատությունների այլոց: Մեր ծառայությունները կենտրոնանում են հաջորդ սերնդի հաջորդականության վրա՝ օգտագործելով Singular Genomics G4 հաջորդականիչը՝ գենոմի ամբողջ ինֆորմացիա ստանալու համար: Այս մեթոդները ներառում են տարածական միաբջիջ գենոմիկայի փորձարկումներ, միաբջիջ RNA-seq, կանոնավոր «նորքային» RNA-seq, նպատակային ԴՆԹ-ի հաջորդականություն, ամբողջական էքսոմի հաջորդականություն, ChIP-seq և այլ վերլուծություններ: Այս վերլուծությունները կարող են իրականացվել կենդանի կամ սառեցված բջիջների կամ հյուսվածքների և արխիվային նմուշների միջոցով, ինչպիսիք են FFPE:
Համօգտագործվող ռեսուրսը ֆինանսավորվում է ՄԱԿ-ի Քաղցկեղի համապարփակ կենտրոնի կողմից՝ CCSG-ի հիմնական դրամաշնորհի P30CA118100 և լրացուցիչ ֆինանսավորման, ինչպես նաև NM նահանգից ստացված միջոցների և օգտագործողների վճարների միջոցով:
Բանիմաց անձնակազմը հասանելի է խորհրդատվության համար՝ օգնելու օգտատերերին հնարավորինս լավագույն փորձեր ստեղծելու և ստացված տվյալների որակի օպտիմալացման հարցում:
Ֆակուլտետի տնօրեն
Վիշվանաթան Պալանիսամի, Բ.գ.դ.
Պրոֆեսոր, Internal Medicine/ Մոլեկուլային բժշկություն
Հեռ.՝ (505) 272-0652
Տեխնիկական տնօրեն / բիոինֆորմատիկա
Քեթրին (Չարլի) Բրեյեր, բ.գ.թ. | CRF G22A
Ավագ տեխնիկական անձնակազմ
Քել Կուկ | CRF 118, Հեռ.՝ (505) 272-5564
Magdalena (Maggie) Cyphery | CRF 119, Հեռ.՝ (505) 272-5564
Olufunmilola (Funmi) Oyebamiji | CRF առաջին հարկ
Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկա
ATG-ն հասանելի է Նյու Մեքսիկոյի համալսարանի (UNM) և նրա հարակից հաստատությունների բոլոր հետազոտողների համար: Այնուամենայնիվ, կարևոր է, որ դուք տրամադրեք մեջբերում P30CA118100-ի համար, ինչպես նաև նշեք ATG-ը, ինչպես նաև UNMCCC-ի այլ ընդհանուր ռեսուրսները, որոնք օգտագործվել են տվյալների արտադրության համար:
Մեր ներդրումներին արժանին մատուցելու համար խնդրում ենք, որ ձեր ձեռագրերի ճանաչման բաժնում ներառեք հետևյալ տողը.
Այս ուսումնասիրությունը մասնակի ֆինանսավորում է ստացել ՄԱԿ-ի քաղցկեղի համապարփակ կենտրոնի աջակցության դրամաշնորհից NCI P30CA118100 և օգտագործել է Analytical and Translational Genomics Shared Resource-ը:.
The Analytical and Translational Genomics Resource մնում է արդիական վերջին վերլուծությունների և տեխնոլոգիաների վերաբերյալ՝ տարբեր հետազոտական հարցեր լուծելու համար: Եթե կա ծրագիր, որը ձեզ հետաքրքրում է, բայց չեք կարող գտնել այս կայքում, խնդրում ենք ազատ զգալ հարցում:
ATG-ի առաջնային ուշադրությունը Առաջարկվում է հաջորդականության առաջադեմ տեխնոլոգիա, որն օգնում է հետազոտողներին հասկանալ կենսաբանական պայմանները: Մեր ծառայությունները ներառում են տարածական և միաբջիջ գենոմային անալիզներ, զանգվածային RNA-seq, Ամբողջ գենոմի հաջորդականություն, նպատակային գենային վահանակի հաջորդականություն և քրոմատինային վիճակի անալիզներ, ինչպիսիք են ChIP-seq և ATAC-seq: Մենք առաջարկում ենք նաև փորձագիտական բիոինֆորմատիկական վերլուծություն: ATG-ի Համօգտագործվող ռեսուրսը հասանելի է ՄԱԿ-ի և նրա հարակից հաստատությունների դասախոսական կազմի բոլոր անդամներին: Մենք խստորեն հորդորում ենք քննիչներին կապվել մեզ հետ՝ պարզելու, թե ինչպես մենք կարող ենք օգնել նրանց հետազոտությանը և բացահայտել իրենց նպատակներին հասնելու համար ամենահարմար վերլուծությունները:
Տարածական գենոմիկա ուսումնասիրել տրանսկրիպտոմը հյուսվածքի 3D կառուցվածքի համատեքստում: 10X Visium, Visium HD և Xenium in situ վերլուծությունները կարող են ճշգրիտ որոշել սղագրությունների տեղակայումը հյուսվածքներում և առանձին բջիջներում: Սա թույլ է տալիս վերլուծել հարևան բջիջների վերաբերյալ գեների արտահայտումը, ինչը հեշտացնում է ենթակառուցվածքների, միջբջջային հաղորդակցության և ցանցերի ավելի խորը ընկալումը:
Մեկ բջջային անալիզներ հնարավորություն է տալիս հետազոտողներին գնահատել տրանսկրիպտոմը և էպիգենետիկան առանձին բջիջների մակարդակով: ATG-ն օգտագործում է 10x Genomics Chromium պլատֆորմը, որն առաջարկում է ժամանակակից մեկ բջջային հաջորդականություն: Տարբեր փորձարկումներ կարող են համակցվել բազմակողմանի մոտեցմամբ՝ հնարավորություն տալով վերլուծել մեկ նմուշը տարբեր ձևերով: Աղբյուրի նյութը կարող է բաղկացած լինել կենդանի բջիջներից, մեկուսացված միջուկներից կամ ֆիքսված նմուշներից: Ֆիքսված նմուշների օգտագործումը թույլ է տալիս ներառել արխիվացված նյութեր:
Իմունային բջիջների պրոֆիլավորում ներառում է իմունային բջիջների բազմազանության վերլուծություն, որը կարող է զուգակցվել տրանսկրիպտոմիկ անալիզների հետ:
Զանգվածային գենոմիկա վերաբերում է հաջորդականության նախագծերին, որոնք վերլուծում են նմուշները որպես ամբողջություն և չեն պահանջում առանձին բջիջների կամ տարածական տեղեկատվության վերլուծություն: Այս տեխնիկայի որոշ օրինակներ են՝ RNA-seq, ChIP-seq, Whole Exome Sequencing (WES) և Whole Genome Sequencing (WGS):
Երկար ընթերցման հաջորդականություն հնարավորություն է տալիս հետազոտողներին ուսումնասիրել իզոֆորմի օգտագործումը նմուշում: Թեև մենք չունենք երկար ընթերցման հաջորդականություն, մենք կարող ենք տրամադրել որոշակի անսահմանափակ ընթերցման երկարություն (առավելագույն երկարությունը > 4 Մբ)՝ օգտագործելով MinION-ները Nanopore Technologies-ից:
Կենսաինֆորմատիկայի տվյալների վերլուծությունATG-ի Համօգտագործվող ռեսուրսների անձնակազմը օգտագործում է տվյալների վերլուծության առաջադեմ տեխնիկա՝ գեների արտահայտման և գենոտիպավորման տվյալները ուսումնասիրելու համար: Մեր նպատակն է մեր օգտատերերին առաջարկել բարձրորակ թվեր, որոնք հարմար են իրենց հոդվածներում կամ դրամաշնորհային հայտերում հրապարակելու համար: Ներկայումս մենք օգտագործում ենք R/Bioconductor ծրագրային փաթեթները՝ վերլուծելու գենոմիկայի տեխնիկայի կողմից արտադրված տվյալների լայնածավալ և բարդ հավաքածուները:
ATG-ն կարող է հաջորդականացնել հետևյալ տեսակները.
- Մուտացիաների կամ գենային տարբերակների հայտնաբերում. Սա կարող է ներառել ուռուցքի գենետիկական մուտացիաների մակարդակի գնահատում, որոշակի քաղցկեղի կամ հիվանդության գենետիկական տատանումների վերլուծություն կամ գնահատում, թե ինչպես են բջիջները արձագանքում ԴՆԹ-ի վնասմանը վնասվածքից կամ բուժումից հետո: Որպես կանոն, դա ձեռք է բերվում նպատակային գենային վահանակի հաջորդականության միջոցով՝ քաղցկեղի կամ որոշ հիվանդությունների հետ կապված գեների վերլուծության համար:
- Գենային արտահայտման ուսումնասիրություններ. Բջիջների, հյուսվածքների, օրգանոիդների կամ հիվանդների նմուշների տրանսկրիպցիոն պրոֆիլավորում՝ որպես առանձին բջիջներ կամ ավելի մեծ քանակությամբ:
- Քրոմատինի վիճակի վերլուծության մի շարք փորձարկումներՀասանելի են ԴՆԹ-ի մեթիլացման ուսումնասիրություններից մինչև ATAC անալիզներ մինչև Chip-seq:
- Չկոդավորող ՌՆԹ-ների ուսումնասիրություն ինչպիսիք են ncRNA-ները, lincRNA-ները և miRNA-ները:
Խնդրում ենք կապվել կամ Կել Կուկի հետ (kelcook@salud.unm.edu) կամ Քեթրին Բրեյեր (kbrayer@salud.unm.edu) խորհրդակցություն նշանակելու համար:
ATG օգտագործում iLab- ը հաշվարկի համար:
վերաբերյալ հարցերի համար iLabs կամ ընդհանուր ռեսուրսում օգտագործելու համար հաշվի/PR կարգավորումների համար, խնդրում ենք էլ Palakshi Reddy Bandapalli կամ զանգահարել 505-272-4539.
Genomics Instruments
G4 Sequencer
- Ճկուն և արագ զուգակցված վերջավոր հաջորդականություն
- Կարող է արտադրել մինչև 1.6 միլիարդ 2 x 150 bp ընթերցում 24 ժամում
- Կարող է կազմաձևվել ընթերցման տարբեր երկարությունների համար
- Համատեղելի է գրեթե բոլոր գրադարանների հետ, որոնք կարելի է հաջորդականացնել Illumina գործիքների վրա:
Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://singulargenomics.com/g4/
10x Genomics Chromium iX
- Բջիջները կամ միջուկները բաժանում է մեկ բջջի հաջորդականության համար
- Գրավում է ՌՆԹ, սպիտակուց և/կամ քրոմատին
- Գենի էքսպրեսիայի վերլուծություն, իմունային բջիջների ռեպերտուար, քրոմատին հասանելիություն, CRISPR խանգարումներ
- Մուտքերը տարբերվում են ըստ վերլուծության, բայց ներառում են կենդանի բջիջների կասեցումներ, միջուկներ, ֆիքսված բջիջներ, սառեցված հյուսվածքներ և FFPE բլոկներ: Առկա են տեսակների ագնոստիկ անալիզներ
Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series
10x Genomics Xenium անալիզատոր
- Տարածական տրանսկրիպտոմիկայի պատկերավորման հարթակ
- Ենթաբջջային լուծում
- Կարող է գրավել մինչև 5,000 գեն
- Բազմաթիվ նախապես մշակված գենային վահանակներ, որոնք կարող են հետագայում հարմարեցվել (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)
Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium
10x Genomics CytAssist-ը
- Հեշտացնում է Visium և Visium HD տարածական տրանսկրիպտոմիկայի վերլուծությունները
- Սկսեք FFPE բլոկներից կամ նախապես կտրված FFPE և թարմ սառեցված հատվածներից
- Համատեղելի է H&E կամ իմունֆլյուորեսցենտով ներկված հատվածների հետ
Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist
- Agilent BioanalyzerՎերլուծել ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի որակը/քանակը` օգտագործելով նվազագույն մուտքերը: (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
- Qubit II ֆտորոմետրԴՆԹ և ՌՆԹ քանակականացում:
- Invitrogen Countess II FLՀաշվեք բջիջները և քանակականացրեք կենդանի բջիջների մասնաբաժինը նմուշում:
- Miltenyi Biotec նուրբ MACS Octo Dissociator ջեռուցիչներովՀյուսվածքների նմուշները տարանջատել մինչև միաբջջային հաջորդականությունը:
- Qiagen EZ2ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի ավտոմատացված արդյունահանում:
Ընտրված գործիքներ հասանելի են ՄԱԿ-ի ազգային շարժման համայնքի որակավորված և վերապատրաստված անդամների օգտագործման համար: Համօգտագործվող գործիքները հասանելի են սովորական աշխատանքային ժամերին և այլ ժամանակ՝ հատուկ պայմանավորվածությամբ: Խնդրում ենք կապ հաստատել ATG Facility-ի անձնակազմի հետ՝ վերլուծությունների և գնագոյացման մասին լրացուցիչ տեղեկությունների համար:
ATG ՀՏՀ
Սրանք ուղեցույցներ են հետազոտողների համար, որոնք մտածում են ATG- ի ընդհանուր ռեսուրսից հաջորդ սերնդի հաջորդականության (NGS) ծառայությունների օգտագործման մասին: Բոլոր հետազոտողները կոչ են անում նախքան նմուշներ պատրաստելը կամ վերլուծելը սկսելը խորհրդակցել ATG- ի անձնակազմի հետ: Մենք կարող ենք օժանդակել փորձարարական ձևավորմանը և, անհրաժեշտության դեպքում, կապ հաստատել ձեզ փորձառու կենսակենսաբանների հետ, որոնք կարող են օգնել փորձարարական ձևավորման հարցում: Շատ կարևոր է հաշվի առնել փորձնական դիզայնը նախքան NGS փորձերը սկսելը, ինչը կարող է բավականին թանկ լինել:
Զանգվածային RNA-seq-ը կարող է հաջողությամբ իրականացվել ՌՆԹ-ի նվազագույն քանակով, ընդամենը 1 նգ mRNA-ի: ATG-ն ստուգում է դրանց ամբողջականությունը (RIN) ՌՆԹ-ներ ստանալուց հետո՝ օգտագործելով Agilent Bioanalyzer: RNA-seq-ի համար առաջարկվող մուտքերն են 150 նգ ընդհանուր ՌՆԹ բարձրորակ ՌՆԹ-ների համար և 250 նգ՝ քայքայված ՌՆԹ-ների համար (օրինակ՝ FFPE RNA): Այնուհետև ՌՆԹ-ները ribodepleted են՝ հեռացնելու անցանկալի rRNA-ն, որը կազմում է բջիջների ՌՆԹ-ի ~90%-ը:
NGS փորձերը կարող են թանկ լինել, և ծախսերը տարբեր են՝ կախված տվյալ վերլուծությունից: Բացի այդ, ընդհանուր արժեքը կախված է գրադարանների կառուցման համար օգտագործվող հավաքածուից և պահանջվող հաջորդականության խորությունից: Խնդրում ենք կապ հաստատել անձնակազմի հետ՝ լրացուցիչ տեղեկություններ ստանալու և գնանշումներ ստանալու համար:
NGS-ի վերլուծությունները արտադրում են ընդարձակ, բարդ տվյալների հավաքածուներ, որոնք պարունակում են հսկայական քանակությամբ տեղեկատվություն, բայց կարող են նաև դժվար լինել վերլուծել: ATG-ի համօգտագործվող ռեսուրսը տրամադրում է վերլուծության առաջին մակարդակը, ներառյալ որակի վերահսկման պարամետրերի վերլուծությունը, ընթերցումների համապատասխանեցումը համապատասխան գենոմի հետ, ըստ անհրաժեշտության սահմանելով հաջորդականության տարբերակները կամ առանձնահատկությունների քանակը:
ATG Shared Resource-ն ունի բիոինֆորմատիկայի փորձագետների թիմ, որոնք կկատարեն նախնական տվյալների վերլուծությունը և կառավարելու և կրկնօրինակելու տվյալները: Նրանք կարող են կատարել վերլուծությունների առավել պարզ տեսակները (օրինակ՝ գեների էքսպրեսիա RNA-seq-ից): Ավելի խորը վերլուծություն, օրինակ՝ արդյունքների համադրումը հիվանդի տեղեկատվության հետ, պետք է կատարվի Կենսաինֆորմատիկայի համօգտագործվող ռեսուրսի կամ կենսավիճակագրության ընդհանուր ռեսուրսի տվյալների հետ: ATG-ի անձնակազմը կարող է օգնել ստեղծել փոխգործակցություն համապատասխան փորձագետների հետ, որոնք պետք է ի սկզբանե ներգրավվեն փորձարարական դիզայնի և որակի վերահսկման հարցում: Խնդրում ենք քննարկել ձեր վերլուծության կարիքները անձնակազմի անդամների հետ:
Ստուգումը յուրաքանչյուր NGS փորձի անբաժանելի մասն է, և պահանջները տարբերվում են՝ կախված փորձի տեսակից: Խնդրում ենք կապ հաստատել ATG-ի անձնակազմի հետ՝ քննարկելու NGS արդյունքները ստուգելու տարբերակները:
Հաստատության տնօրեն Վիշվանաթան Պալանիսամին, բ.գ.թ., կարող է տրամադրել աջակցության նամակներ և խորհուրդներ ATG-ի Համօգտագործվող ռեսուրսների և հնարավոր NGS փորձերը դրամաշնորհային հայտերում նկարագրելու վերաբերյալ: Դոկտոր Պալանիսամին ծառայել է NIH-ի, ACS-ի և DOD-ի բազմաթիվ ուսումնասիրությունների բաժիններում և վերանայել բազմաթիվ դրամաշնորհային դիմումներ, ներառյալ NGS փորձերը: Նրա սեփական ֆինանսավորվող դրամաշնորհներն ունեն NGS փորձեր: Նա կարող է օգնել գրել ձեր դրամաշնորհի բաժինները NGS փորձերի վերաբերյալ և նշել հնարավոր որոգայթները և խուսափելու բաները:
NGS- ի փորձը քննադատելու ամենադյուրին ճանապարհը `այն որակել որպես ձկնորսական արշավ: Ահա որոշ բաներ, որոնցից անպայման պետք է խուսափել:
- Մի առաջարկեք բնութագրել գեները, որոնք դեռ չեք հայտնաբերել: Եթե դուք չունեք նախնական տվյալներ, ապա չգիտեք, թե ինչ գեներ կամ քանի գեն կգտնեք։ Այնուամենայնիվ, նրանք, հավանաբար, կհասնեն հարյուրների: Պարզապես ասելը, որ դուք կընտրեք որոշ հետաքրքիր գեներ ուսումնասիրելու համար, ձեր դրամաշնորհից վատ գնահատական ստանալու արագ միջոց է: Հնարավորության դեպքում ձեր փորձը պետք է փորձարկի վարկած: Օրինակ, դուք կարող եք ենթադրել, որ որոշ գեներ (օրինակ՝ ապոպտոզի գեներ) կառաջանան: Այնուհետև կարող եք առաջարկել օգտագործել NGS անալիզներ՝ դա փորձարկելու համար (և առաջարկել իրական ժամանակի PCR որպես պահեստային մոտեցում): Այդպիսով դուք կարող եք ստուգել վարկածը, առաջարկել ակնկալվող արդյունքներ և վերահսկում (օրինակ՝ գեներ, որոնք պետք է բարձրանան և իջնեն), ինչը շատ ավելի լավ միջոց է NGS (կամ որևէ այլ փորձ) կատարելու համար: Պարզապես գեների համար ձկնորսությունը վատ մոտեցում է և միշտ առաջացնում է վերանայման հանձնաժողովի զայրույթը:
- Պարզապես ասելով, որ դուք կօգտագործեք ինչ-որ ծրագրային ծրագիր՝ տվյալները վերլուծելու կամ գեները ուղիներով խմբավորելու համար, նույնպես ձեզ դժվարության մեջ է գցելու: NGS տվյալները կարող են չափազանց բարդ լինել և վերլուծության համար կպահանջեն վիճակագրական մեթոդներ: Ճանապարհի տվյալները, որոնք հայտնի են, ցավալիորեն թերի են: Գեների մեծ մասը, այնուամենայնիվ, ուղիներում չեն: Տվյալների վերլուծության համար ձեզ հարկավոր կլինի լավ ծրագրված մոտեցում: Դուք պետք է կարողանաք ասելու՝ փորձն աշխատե՞լ է, թե՞ ոչ (օրինակ՝ ակնկալվող ապոպտոզի գեները ակտիվացե՞լ են):
- NGS փորձը չպետք է լինի պարզապես պարբերություն `ձեր նպատակներից մեկի վերջում: Ինչ էլ որ անեք, բացարձակապես մի ավելացրեք NGS փորձ `դրամաշնորհի հայտի ավարտին, որպես մի բան, որը դուք« նույնպես կանեք »: NGS- ի փորձերը մեծ են, թանկ և բարդ, և դրանք հնարավոր չէ անել որպես հետագա միտք: Շատ ու շատ դրամաշնորհներ ունեն NGS փորձի մեկ պարբերության նկարագրություն, որը կանեն նաև հետազոտողները: Դա կայծակնային գավազան է գրախոսողների կողմից քննադատության համար:
- Եթե դուք գեներ եք փնտրում, ապա պետք է նրանց ինչ-որ պատճառով փնտրեք: Մի առաջարկեք պարզապես փնտրել կարգավորվող գեներ ՝ առանց նրանց հետ ինչ-որ բան առաջարկելու առաջարկելու: Գնալով վեր ու վար գեները գտնելը բավական նշանակալի նպատակ չէ: Դուք պետք է գեներ փնտրեք ՝ հաշվի առնելով որոշակի նպատակներ (օրինակ ՝ որոշ վարկածներ, որոնք պետք է ստուգվեն):