Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկա

ATG-ն հասանելի է Նյու Մեքսիկոյի համալսարանի (UNM) և դրա հետ կապված հաստատությունների բոլոր հետազոտողներին: Այնուամենայնիվ, կարևոր է, որ դուք հղում տաք P30CA118100-ին և նշեք ATG-ն, ինչպես նաև UNMCCC-ի այլ համատեղ օգտագործվող ռեսուրսները, որոնք օգտագործվել են տվյալները ստեղծելու համար:

Մեր ներդրումները գնահատելու համար խնդրում ենք ձեր ձեռագրերի շնորհակալության բաժնում ներառել հետևյալ տեքստը.

Այս ուսումնասիրությունը մասնակի ֆինանսավորում է ստացել ՄԱԿ-ի քաղցկեղի համապարփակ կենտրոնի աջակցության դրամաշնորհից NCI P30CA118100 և օգտագործել է Analytical and Translational Genomics Shared Resource-ը:.

Հիմնական ծառայություններ, տեխնոլոգիաներ և սարքավորումներ

Բարձր թողունակությամբ ԴՆԹ-հաջորդականություն և ՌՆԹ-հաջորդականություն։ ATG-ն առաջարկում է ամբողջական գենոմի հաջորդականացում, զանգվածային RNA-seq, ChIP-seq, RIP-seq, էկզոմի և փոքր RNA վերլուծություն՝ օգտագործելով Singular Genomics G4 հաջորդականացուցիչը: Սկզբնական նյութը կարող է ներառել բջիջներ, թուք, արյուն և FFPE կամ թարմ սառեցված պաթոլոգիական նմուշներ: 

10x գենոմիկայի միաբջիջ հաջորդականացում։ Օգտագործելով 10x Genomics Chromium կարգավորիչը, Countess II ավտոմատացված բջջային հաշվիչի և Miltenyi gentleMACS Octo Dissociator-ի հետ միասին՝ միաբջիջ կախույթներ ստեղծելու համար, ATG-ի աշխատակիցները պատրաստում են նմուշները և կառուցում NGS գրադարաններ ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի NGS-ի համար։

10x Visium-HD և Xenium in situ՝ ամբողջական տրանսկրիպտոմի և թիրախային գեների արտահայտման վերլուծության համար։ Մարդու հյուսվածքների պահոցի և հյուսվածքների վերլուծության (HTR-TA) համատեղ ռեսուրսների հետ համագործակցությամբ, ATG-ն առաջարկում է թարմ սառեցված և FFPE հյուսվածքների տարածական ամբողջական տրանսկրիպտոմային վերլուծություն՝ օգտագործելով 10x Genomics-ի Visium-HD և Xenium in situ տարածական գեների արտահայտման տեխնոլոգիաները: Visium HD տարածական գեների արտահայտումը սահմանազատում է ամբողջական հյուսվածքային հատվածների ամբողջական տրանսկրիպտոմը՝ ապահովելով ձևաբանական համատեքստ և բարձր բջջային լուծաչափ: Xenium in situ-ն հնարավորություն է տալիս բարձր թողունակությամբ ենթաբջջային քարտեզագրել մինչև 5,000 գե՝ նույն հյուսվածքային հատվածում բազմապատկված սպիտակուցների հետ միասին, որոնք ստացվել են HTR-TA-ի հետ համագործակցությամբ՝ նմուշների պատրաստման համար:

NGS տվյալների վերլուծություն, scRNA-seq և փոխազդեցություններ Կենսաստատիստիկայի և Կենսաինֆորմատիկայի ու Տվյալների Գիտության (BDS) համատեղ ռեսուրսների հետ։ ATG-ն համակարգվում է Կենսատեղեկատվական և BDS համատեղ ռեսուրսների հետ՝ որակի վերահսկման վերլուծություններ հաստատելու և G4-Singular տվյալների համար տվյալների վերլուծության խողովակաշարեր մշակելու համար, ներառյալ ԴՆԹ նմուշներից միանուկլեոտիդային տարբերակի (SNV) հայտնաբերումը, գեների արտահայտման վերլուծությունը, ՌՆԹ-ից տարբերակների վերլուծությունը, scRNA-seq տվյալները, RNA-seq-ից միաձուլման տրանսկրիպտների հայտնաբերումը և պատճենների համարի տարբերակի (CNV) վերլուծությունը: Մշակված ֆայլերը պահվում են մեր անվտանգ AWS ամպային հաշվի մեջ և օգտագործվում են ATG անձնակազմի կամ BDS-ի կողմից հետագա վերլուծությունների համար՝ օգտագործելով հարմարեցված R սկրիպտներ: ATG տեխնիկական տնօրեն Բրեյերը կատարում է կրկնակի դեր՝ որպես ավագ կենսաինֆորմատիկայի մասնագետ և կապող օղակ Կենսատեղեկատվական և BDS համատեղ ռեսուրսների հետ՝ ուսումնասիրության նախագծումը և տվյալների վերլուծությունը հեշտացնելու համար:

Տվյալների պահպանում և հաշվարկներ։ ATG-ն պահպանում է անվտանգ, HIPAA-ի համապատասխան և IRB-ի կողմից հաստատված AWS հաշիվ, որտեղ կարող են պահվել և վերլուծվել մեծ տվյալների հավաքածուներ: Բոլոր տվյալները անանունացվում են, կոդավորվում են փոխանցման ընթացքում և պահվում: Մուտք ունեն միայն լիազորված օգտատերերը, ինչը պահանջում է երկփուլ նույնականացում: Գենոմիկ տվյալների անվտանգության համար ATG-ն հետևում է NIH-ի վերահսկվող մուտքի տվյալների անվտանգության լավագույն պրակտիկայում նշված քաղաքականություններին, որոնք ենթակա են NIH-ի գենոմիկ տվյալների փոխանակման քաղաքականությանը:

Այլ ծառայություններ: ATG-ն ունի Agilent BioAnalyzer, Qubit ֆլուորոմետր, Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator՝ տաքացուցիչներով (հյուսվածքից միաբջիջ կախույթներ ստանալու համար), Countess II ավտոմատացված բջջային հաշվիչ և ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, որոնք հասանելի են UNMCCC անդամների օգտագործման համար: Qiagen EZ2 ԴՆԹ/ՌՆԹ արդյունահանման ռոբոտը հասանելի է մեծ ծավալի, ավտոմատացված նուկլեինաթթվի արդյունահանման համար:

ATG-ն կարող է հաջորդականացնել հետևյալ տեսակները.

• Մուտացիաների կամ գենային տարբերակների հայտնաբերում. Սա կարող է ներառել ուռուցքի գենետիկական մուտացիաների մակարդակի գնահատում, որոշակի քաղցկեղի կամ հիվանդության գենետիկական տատանումների վերլուծություն կամ գնահատում, թե ինչպես են բջիջները արձագանքում ԴՆԹ-ի վնասմանը վնասվածքից կամ բուժումից հետո: Որպես կանոն, դա ձեռք է բերվում նպատակային գենային վահանակի հաջորդականության միջոցով՝ քաղցկեղի կամ որոշ հիվանդությունների հետ կապված գեների վերլուծության համար:
• Գենային արտահայտման ուսումնասիրություններ. Բջիջների, հյուսվածքների, օրգանոիդների կամ հիվանդների նմուշների տրանսկրիպցիոն պրոֆիլավորում՝ որպես առանձին բջիջներ կամ ավելի մեծ քանակությամբ:
• Քրոմատինի վիճակի վերլուծության մի շարք փորձարկումներՀասանելի են ԴՆԹ-ի մեթիլացման ուսումնասիրություններից մինչև ATAC անալիզներ մինչև Chip-seq:
• Չկոդավորող ՌՆԹ-ների ուսումնասիրություն ինչպիսիք են ncRNA-ները, lincRNA-ները, miRNA-ները և tRNA-ները։

Խնդրում ենք կապվել կամ Կել Կուկի հետ (kelcook@salud.unm.edu) կամ Քեթրին Բրեյեր (kbrayer@salud.unm.edu) խորհրդակցություն նշանակելու համար:

Singular Genomics G4 սեքվենսորը

• Ճկուն և արագ զուգակցված վերջավոր հաջորդականություն
• Կարող է արտադրել մինչև 1.6 միլիարդ 2 x 150 bp ընթերցում 24 ժամում
• Կարող է կազմաձևվել ընթերցման տարբեր երկարությունների համար
• Համատեղելի է գրեթե բոլոր գրադարանների հետ, որոնք կարելի է հաջորդականացնել Illumina գործիքների վրա:

Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.singulargenomics.com/

10x Genomics Chromium iX

• Բջիջները կամ միջուկները բաժանում է մեկ բջջի հաջորդականության համար
• Գրավում է ՌՆԹ, սպիտակուց և/կամ քրոմատին
• Գենի էքսպրեսիայի վերլուծություն, իմունային բջիջների ռեպերտուար, քրոմատին հասանելիություն, CRISPR խանգարումներ
• Մուտքերը տարբերվում են ըստ վերլուծության, բայց ներառում են կենդանի բջիջների կասեցումներ, միջուկներ, ֆիքսված բջիջներ, սառեցված հյուսվածքներ և FFPE բլոկներ: Առկա են տեսակների ագնոստիկ անալիզներ

Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

10x Genomics Xenium անալիզատոր

• Տարածական տրանսկրիպտոմիկայի պատկերավորման հարթակ
• Ենթաբջջային լուծում
• Կարող է գրավել մինչև 5,000 գեն
• Բազմաթիվ նախապես մշակված գենային վահանակներ, որոնք կարող են հետագայում հարմարեցվել (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

10x Genomics CytAssist-ը

• Հեշտացնում է Visium և Visium HD տարածական տրանսկրիպտոմիկայի վերլուծությունները
• Սկսեք FFPE բլոկներից կամ նախապես կտրված FFPE և թարմ սառեցված հատվածներից
• Համատեղելի է H&E կամ իմունֆլյուորեսցենտով ներկված հատվածների հետ

Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Agilent BioanalyzerՎերլուծել ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի որակը/քանակը` օգտագործելով նվազագույն մուտքերը: (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Qubit II ֆտորոմետրԴՆԹ և ՌՆԹ քանակականացում:
• ThermoFisher/Invitrogen Countess IIՀաշվեք բջիջները և քանակականացրեք կենդանի բջիջների մասնաբաժինը նմուշում:

• Miltenyi Biotec նուրբ MACS Octo Dissociator ջեռուցիչներովՀյուսվածքների նմուշները տարանջատել մինչև միաբջջային հաջորդականությունը:
• Qiagen EZ2ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի ավտոմատացված արդյունահանում:
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR։ Իրական ժամանակի ՊՇՌ համակարգ՝ 96 և 384-հոսանքային բլոկներով՝ գեների արտահայտման վերլուծությունների ճկունություն և հեշտություն ապահովելու համար։

Ընտրված գործիքներ հասանելի են ՄԱԿ-ի ազգային շարժման համայնքի որակավորված և վերապատրաստված անդամների օգտագործման համար: Համօգտագործվող գործիքները հասանելի են սովորական աշխատանքային ժամերին և այլ ժամանակ՝ հատուկ պայմանավորվածությամբ: Խնդրում ենք կապ հաստատել ATG Facility-ի անձնակազմի հետ՝ վերլուծությունների և գնագոյացման մասին լրացուցիչ տեղեկությունների համար: