Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկա
Վերլուծական և թարգմանական գենոմիկայի (ATG) Համօգտագործվող ռեսուրսը տրամադրում է հաջորդ սերնդի հաջորդականության և գենոմիկայի հետ կապված այլ ծառայություններ ՄԱԿ-ի քաղցկեղի կենտրոնի անդամներին և ՄԱԿ-ի և հարակից հաստատությունների այլ օգտվողներին: Առաջնային ծառայությունները ներառում են հաջորդ սերնդի հաջորդականությունը՝ օգտագործելով երկու Ion Proton S5/XL գործիքները և հարակից փորձագիտական բիոինֆորմատիկայի աջակցությունը: Դրանք ներառում են կանոնավոր «մեծածավալ» RNA-seq, միաբջիջ RNA-seq, օգտագործելով 10x Genomics համակարգը, նպատակային ԴՆԹ-ի հաջորդականությունը, ChIP-seq և մի շարք այլ փորձարկումներ, որոնցից շատերը կարող են իրականացվել ինչպես կենդանի, այնպես էլ սառեցված բջիջների կամ հյուսվածքների հետ: կամ արխիվացված (օրինակ՝ FFPE) նմուշներ։ Singular Genomics G4 sequencer-ն ապահովում է հաջորդ սերնդի հաջորդականությունը ճկուն և արագ ձևաչափով, որը հարմար է բոլոր տեսակի RNA-seq և DNA-seq վերլուծությունների համար: Ion Proton S5/XL գործիքները հատկապես հարմար են անորակ ՌՆԹ-ի վերլուծության համար, օրինակ՝ FFPE նյութից, որը դժվար է կամ անհնար է վերլուծել այլ տեխնոլոգիաների միջոցով: Գործիքները առաջացնում են մինչև 100 միլիոն ընթերցումներ մեկ հաջորդականության չիպի համար, և մենք ձգտում ենք հնարավորության դեպքում արագ շրջադարձ ապահովել:
Համօգտագործվող ռեսուրսին աջակցում է ՄԱԿ-ի քաղցկեղի կենտրոնը, ներառյալ CCSG- ի հիմնական դրամաշնորհը P30CA118100 և այլ միջոցներ, ինչպես նաև NM նահանգի միջոցներից և օգտագործողների վճարներից:
Փորձագիտական անձնակազմը մատչելի է խորհրդատվությունների համար, որոնք կօգնեն օգտվողներին մշակել հնարավոր լավագույն փորձերը, առավելագույնի հասցնել արտադրվող տվյալների որակը:
Ֆակուլտետի տնօրեն
Սքոթ Ա. Նես, Դոկտոր
Պրոֆեսոր, Internal Medicine/ Մոլեկուլային բժշկություն
Գրասենյակ ՝ CRF 121; Հեռ. ՝ (505) 272-9883
Տեխնիկական տնօրեն / բիոինֆորմատիկա
Ավագ տեխնիկական անձնակազմ
Քել Կուկ CRF 118 Հեռ. (505) 272-5564
Ennենիֆեր Վուդս CRF 121 Հեռ. (505) 272-3464
Մեգգի Սիֆեր CRF 121 Հեռ. (505) 272-2464
Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկա
ATG- ն հասանելի է ՄԱԿ-ի և դրան կից հաստատությունների բոլոր հետազոտողների կողմից օգտագործման համար:
Այս համատեղ ռեսուրսի օգտագործումը հաստատելու համար խնդրում ենք ձեր հրատարակություններում ներառել հետևյալը.
Այս հետազոտությունը մասամբ աջակցվել է ՄԱԿ-ի Քաղցկեղի համապարփակ կենտրոնի Աջակցության դրամաշնորհի NCI P30CA118100- ի կողմից և օգտագործեց Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկայի ընդհանուր ռեսուրսը, որը լրացուցիչ աջակցություն է ստանում Նյու Մեքսիկոյի նահանգից:
ATG ծառայություններն ավելի մանրամասն նկարագրված են ստորև:
The Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկայի ռեսուրս հիմնականում ապահովում է հաջորդ սերնդի հաջորդականացման տեխնոլոգիաներ, ինչպիսիք են RNA-seq-ը, նպատակային գենային վահանակի հաջորդականությունը և էպիգենետիկական անալիզները, ինչպիսիք են ChIP-seq և ATAC-seq, զուգորդված փորձագիտական կենսաինֆորմատիկայի վերլուծությամբ: Իրական ժամանակի PCR ծառայությունները նույնպես հասանելի են: ATG-ի Համօգտագործվող ռեսուրսը հասանելի է UNM-ի և նրա մասնաճյուղերի բոլոր դասախոսների կողմից, և բոլոր քննիչներին խրախուսվում է կապվել մեզ հետ՝ պարզելու, թե ինչպես մենք կարող ենք օգնել նրանց հետազոտություններին:
10x Genomics Single-cell Sequencing. Առաջատար մեկ բջիջների հաջորդականությունը առաջարկվում է 10x Genomics համակարգի միջոցով, որը լավ է աշխատում կամ կենդանի բջիջների կամ սառեցված նմուշներից մեկուսացված միջուկների հետ:
Singular Genomics G4 Paired-End Sequencing. Ճկուն և արագ հաջորդականացման գործիք հաջորդ սերնդի հաջորդականության բոլոր տեսակների համար, ներառյալ RNA-seq, ChIP-seq, Ամբողջ էքսոմի հաջորդականությունը (WES) կամ Ամբողջ գենոմի հաջորդականությունը (WGS): Illumina-ի հաջորդականության համար պատրաստված գրադարանների մեծ մասը կարող է արագ և արդյունավետ կերպով փոխակերպվել G4-ում վերլուծության համար:
Illumina հաջորդականությունը. ATG-ն պայմանագիր ունի Genomics Core-ի հետ Univ of CO, Anschutz-ում՝ Illumina-ի հաջորդականացման համար՝ օգտագործելով իրենց NovaSeq գործիքը: ATG-ն կարող է պատրաստել գրադարաններ և դրանք ուղարկել UofCO-ին հաջորդականության համար, կամ նմուշներ ուղարկել այնտեղ գրադարանի պատրաստման և հաջորդականության համար: Այնուհետև տվյալները վերբեռնվում են մեր AWS վեբ հաշվին՝ տվյալների վերլուծության համար:
Ion Torrent Հաջորդ սերնդի հաջորդականությունը. Հզոր Life Technologies Ion Proton S5/XL կիսահաղորդչային հաջորդականության հաջորդականության գործիքները իդեալական են հաջորդ սերնդի հաջորդականության վերլուծության համար, ներառյալ գենային արտահայտման (RNA-seq) վերլուծությունները, էպիգենետիկական վերլուծությունները (ChIP-seq) և թիրախային հաջորդականությունը (Ion Ampliseq Քաղցկեղի համապարփակ վահանակ) համապատասխան գեներ, նույնիսկ FFPE նմուշներից:
Փորձագետ բիոինֆորմատիկայի տվյալների վերլուծություն. ATG Shared Resource-ի անձնակազմը օգտագործում է տվյալների վերլուծության բարդ մեթոդներ՝ գեների էքսպրեսիան և գենոտիպավորման տվյալները վերլուծելու համար և ձգտում է մեր օգտատերերին տրամադրել հրապարակման որակի թվեր իրենց ձեռագրերի կամ դրամաշնորհային հայտերի համար: Մենք օգտագործում ենք R/Bioconductor ծրագրային փաթեթներ՝ ուսումնասիրելու գենոմիկայի մեթոդներով առաջացած մեծ և բարդ տվյալների հավաքածուները:
Հաջորդ գեներացման հաջորդականության կիրառումներ
Հաջորդ սերնդի (մասսայական զուգահեռ) հաջորդականությունը օգտակար է տարբեր փորձարարական մոտեցումների համար: Այն փոխարինում չէ պլազմիդների կամ PCR արտադրանքի նորմալ (Sanger) հաջորդականությանը: Փոխարենը հաջորդ սերնդի հաջորդականությունը կախված է միլիոնավոր կամ միլիարդավոր անհատ ԴՆԹ-ի մոլեկուլների (օրինակ ՝ գենոմիկական ԴՆԹ-ի բեկորները, cDNA- ներ) գրավումից, որոնք այնուհետև առանձին-առանձին ուժեղանում են և զուգահեռաբար հաջորդականացվում ՝ առաջացնելով միլիոնավոր կամ միլիարդավոր հաջորդականությունների «ընթերցումներ», որոնցից յուրաքանչյուրը ծագել է այլ ձևանմուշի մոլեկուլ: Դա նման է միլիոնավոր կամ միլիարդավոր անկախ ԴՆԹ-ի բեկորների անհատական կլոնավորմանը և դրանց հաջորդականությանը, բայց ամեն ինչ տեղի է ունենում միանգամից և ընդամենը մի քանի օրվա ընթացքում:
Գիտական կիրառության հետևյալ տեսակները հեշտությամբ հարմարվում են հաջորդ սերնդի հաջորդականության մոտեցումներին.
- Քաղցկեղի կամ հիվանդության հետ կապված գեների նպատակային գենային վահանակի հաջորդականացում
- Գենային արտահայտման ուսումնասիրություններ՝ օգտագործելով RNA-seq
- Քրոմատինի իմունային նստվածք - հաջորդականություն (ChIP-seq) արտագրման գործոնի կամ էպիգենետիկ ուսումնասիրությունների համար
- ԴՆԹ-ի մեթիլացման ուսումնասիրություններ (օր. RRBS)
- Ձայնագրության հաջորդականություն (օրինակ ՝ այլընտրանքներով համեմված ՌՆԹ-ների նույնացում)
- Ոչ կոդավորող ՌՆԹ-ների (ncRNAs, lincRNAs, miRs) վերլուծություն
Ներկայումս ATG հաստատությունն ունի կամ հասանելիություն ունի հաջորդ սերնդի հաջորդականացման գործիքների մի քանի տեսակների.
- Singular Genomics G4: Արագ և ճկուն զուգակցված վերջավոր հաջորդականություն (նման է Illumina NextSeq-ին)
- ThermoFisher Ion S5/XL: Պինդ վիճակի NGS-ն առաջացնում է մինչև 120 միլիոն ընթերցում մեկ չիպի համար
- Illumina հաջորդականություն (NovaSeq և NextSeq) մեր գործընկերների միջոցով Univ of CO, Anschutz-ում
- 10x Genomics Chromium Controller: միաբջիջ RNA-seq և ATAC-seq վերլուծությունների համար
Այս գործիքներն ապահովում են ծախսարդյունավետ և արագ հաջորդ սերնդի հաջորդականություն հաջորդ սերնդի հաջորդականության բոլոր տեսակի վերլուծությունների համար:
Համօգտագործվող գործիքները հասանելի են երկուշաբթի-ուրբաթ 8:30-ից 5:XNUMX
(այլ ժամանակներ կարող են մատչելի լինել հատուկ պայմանավորվածությամբ)
ATG-ն ունի մի քանի եզակի գործիքներ, որոնք UNM հետազոտողները կարող են կազմակերպել օգտագործել: Որակավորված լաբորատորիաները վճարում են տարեկան օգտատերերի վճար և ստանում ուսուցում և աջակցություն ATG-ի անձնակազմից: Գործիքները հասանելի են հաստատությունում սովորական աշխատանքային ժամերին օգտագործելու համար:
Արագ կենսաբանական անալիզատոր. Մոլեկուլային կենսաբանների համար կարևոր գործիք է, որը փոխարինում է գելի էլեկտրոֆորեզին ՝ կիրառման շատ տեսակների համար: Այն հատկապես օգտակար է շատ փոքր քանակությամբ նյութ օգտագործող ՌՆԹ-ի կամ ԴՆԹ-ի նմուշների որակը և / կամ քանակը վերլուծելու համար `գելի վրա մեծ քանակությամբ թանկարժեք նմուշ գործադրելու փոխարեն:
Nanodrop սպեկտրոֆոտոմետր. Կաթիլային սպեկտրաֆոտոմետր, որը չափում է կլանումը կլանիչ նմուշի փոքր կաթիլում: Սա խուսափում է նմուշները խոշոր կավետների մեջ նոսրացնելու անհրաժեշտությունից:
Thermo Fisher Cell Coutess II: նմուշում կենդանի բջիջները քանակականացնելու համար:
Milteny gentleMACS Octo Dissociator ջեռուցիչներով. Հյուսվածքների նմուշների տարանջատման համար նախքան հաջորդականությունը:
Qubit ֆտորոմետր. ՌՆԹ-ի և ԴՆԹ-ի քանակականացման համար
Խնդրում ենք կապվել ATG Facility-ի աշխատակիցների հետ՝ վերլուծությունների և գնագոյացման մասին լրացուցիչ տեղեկությունների համար:
Օգտագործեք մեր iLab կայքը դրա համար վերապահումներ և մեջբերումներ, (Մուտք գործելը պարտադիր է)
Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկայի (ATG) ընդհանուր ռեսուրսը (նախկինում `Keck-UNM Genomics Resource, KUGR) ապահովում է մուտք դեպի հաջորդ սերնդի հաջորդականության վերլուծություններ, միկրոէլեմենտներ և գենոմիկայի այլ տեխնոլոգիաներ, զուգորդված բիոինֆորմատիկայի փորձագիտական վերլուծության հետ: ATG- ն մատչելի է ՄԱԿ-ի և նրա դուստր ձեռնարկությունների բոլոր դասախոսների կողմից, և բոլոր քննիչները խրախուսվում են կապվել ATG- ի հետ `պարզելու, թե ինչպես կարող ենք օգնել նրանց հետազոտություններին:
վերաբերյալ հարցերի համար iLabs կամ ընդհանուր ռեսուրսում օգտագործելու համար հաշվի/PR կարգավորելու համար, Խնդրում եմ նամակ Մերի Շերմանին կամ զանգահարել 505-272-4539:
Լրացնել այս խելացի թերթիկի ձևը ձեր նախագիծը սկսելու համար:
(Ձևը կբացվի նոր ներդիրում: Եթե այն չի բացվում, պատճենեք և տեղադրեք այս տեքստը ձեր դիտարկիչի նոր ներդիրի հասցեագոտում. https://app.smartsheet.com/b/form/fa518ed260454445bec9d3bc34cac4cf)
ATG ՀՏՀ
Սրանք ուղեցույցներ են հետազոտողների համար, որոնք մտածում են ATG- ի ընդհանուր ռեսուրսից հաջորդ սերնդի հաջորդականության (NGS) ծառայությունների օգտագործման մասին: Բոլոր հետազոտողները կոչ են անում նախքան նմուշներ պատրաստելը կամ վերլուծելը սկսելը խորհրդակցել ATG- ի անձնակազմի հետ: Մենք կարող ենք օժանդակել փորձարարական ձևավորմանը և, անհրաժեշտության դեպքում, կապ հաստատել ձեզ փորձառու կենսակենսաբանների հետ, որոնք կարող են օգնել փորձարարական ձևավորման հարցում: Շատ կարևոր է հաշվի առնել փորձնական դիզայնը նախքան NGS փորձերը սկսելը, ինչը կարող է բավականին թանկ լինել:
RNA-seq- ը կարող է հաջողությամբ իրականացվել շատ փոքր քանակությամբ RNA- ով: Այնուամենայնիվ, պահանջվող գումարը կախված է պահանջվող «ընթերցման խորությունից» և արդյոք ռիբոսոմային RNA աղտոտում կլինի: Ռիբոսոմային ՌՆԹ-ն բջիջներում ՌՆԹ-ի 90% -ն է, ուստի անհրաժեշտ է հեռացնել կամ նվազեցնել ռիբոսոմային ՌՆԹ-ն `նախքան ՌՆԹ-սեկ-կատարելը: Դա անելու երկու եղանակներն են `ֆիզիկական հեռացումը` «Ռիբոդեպլյացիայի» միջոցով, որում ռիբոսոմային ՌՆԹ-ներին լրացնող բիոտինիլացված զոնդերը հիբրիդացվում են ՌՆԹ նմուշների հետ, ապա բարդույթները գրավվում և հեռացվում են: Այլընտրանքորեն, կարող է օգտագործվել պոլի-Ա ուղղված գրադարանի նախապատրաստման մեթոդ (օրինակ `Smart-Seq), որը խուսափում է ռիբոսոմային ՌՆԹ-ի հաջորդականությունից, բայց դա բացառում է այլ ՌՆԹ-ներին, որոնք չունեն պոլիԱ պոչեր և որոնք կարող են հետաքրքրել (օրինակ` միկրոՌՆԹ): Փորձերը սկսելուց առաջ խնդրում ենք կապվել ATG Shared Resource- ի աշխատակազմի հետ `քննարկելու տարբերակները:
ATG- ի ընդհանուր ռեսուրսը կատարում է ամբողջական սպասարկման NGS վերլուծություն: Այնուամենայնիվ, NGS գրադարանի պատրաստման բարդություններից ելնելով, այն, ինչ կարող է տրամադրել ATG- ն, կախված է փորձի տեսակից: Թիրախային վահանակի հաջորդականացման և էկզոմի հաջորդականացման համար մեզ անհրաժեշտ են միայն ԴՆԹ նմուշներ և մենք կարտադրենք գրադարաններ, կկատարենք հաջորդականությունը և նախնական վերլուծությունը: Մենք կտրամադրենք գնի մեջբերում ակնկալվող արժեքի համար `նախքան աշխատանքը սկսելը: RNA-seq- ի և այլ մոտեցումների համար գրադարանների կառուցման եղանակում կան բազմաթիվ տատանումներ: Մենք օգտվողներին հորդորում ենք նախքան սկսելը կապվել ATG- ի անձնակազմի հետ `քննարկելու տարբերակները: Բացի Affymetrix- ի ամբողջական համակարգից, ATG Shared Resource- ն ունի Nanodrop սպեկտրոմետր փոքր քանակությամբ RNA- ն քանակականացնելու համար, և Agilent Bioanalyzer` RNA- ի կամ ԴՆԹ-ի նմուշների որակը և քանակը արագորեն վերլուծելու համար:
NGS- ի փորձերը կարող են թանկ նստել: Մեծ փորձերի մեծ մասի ընդհանուր արժեքը (էկզոմի հաջորդականացում, ՌՆԹ-սեր և այլն) կազմում է $ 500-ից $ 800 մեկ նմուշի համար, գումարած `բիոինֆորմատիկայի համար վճար: Որոշ փոքր նպատակային հաջորդականության փորձեր մեկ նմուշի համար ավելի քիչ արժեն: Խնդրում ենք կապվել աշխատակազմի հետ ՝ լրացուցիչ տեղեկություններ ստանալու և գնի մեջբերման համար:
Այո՛ NGS փորձերը առաջացնում են մեծ, բարդ տվյալների հավաքածուներ: Կենսաինֆորմատիկայի վերլուծությունը հնարավոր չէ առանց կրկնօրինակների: Պատճեններն ավելի լավ են: Կրկնօրինակներն իսկապես անհրաժեշտ են լավ արդյունքներ ստանալու համար, որոնք իմաստալից են և արժեն ծախսեր:
ATG- ի ընդհանուր ռեսուրսը հետևում է որակի վերահսկման խիստ ցուցումներին և գործառնական ստանդարտ ընթացակարգերին ՝ ապահովելու համար, որ տվյալներն ամենաբարձր որակի են և համապատասխանում են կամ գերազանցում են ENCODE կոնսորցիումի նման խմբերի կողմից սահմանված ստանդարտները: Մենք օգտագործում ենք ստանդարտ մուտքային կառավարման միջոցներ `ներքին գործընթացները դիտարկելու և որակի վերահսկման ստուգումներ կատարելու համար` գրադարանի արտադրության և հաջորդականացման յուրաքանչյուր փուլում: Խնդրում ենք կապվել ATG- ի աշխատակազմի հետ ՝ տեսնելու այն տվյալների օրինակները, որոնք մենք հաջողությամբ արտադրել ենք:
RNA- ի մեկնարկային նմուշների որակը կհաստատվի Agilent BioAnalyzer- ի միջոցով կամ իրական ժամանակի PCR- ի միջոցով: Գրադարանները համանման կարգով ստուգվելու են նախքան հաջորդականացումը: Բարձր մակարդակի հսկիչները ավելացվում են մի քանի քայլերով `որակի ներքին հսկողությունը վերահսկելու համար:
NGS անալիզները արտադրում են մեծ, բարդ տվյալների հավաքածուներ, որոնք հսկայական տեղեկատվություն են պարունակում, բայց կարող են նաև դժվար վերլուծվել: ATG- ի ընդհանուր ռեսուրսը տրամադրում է վերլուծության առաջին մակարդակը, ներառյալ որակի վերահսկման պարամետրերի վերլուծությունը, ընթերցումների համապատասխանեցումը համապատասխան գենոմին, ըստ անհրաժեշտության `հաջորդականության տարբերակների կամ հատկությունների հաշվարկի որոշումը և մեկնաբանման պարզ տիպերի կատարում, ինչպիսիք են ջերմային քարտեզների արտադրությունը: RNA- հաջորդի համար: Այնուամենայնիվ, տվյալների վերլուծության ավելի բարդ տեսակները, ինչպիսիք են արդյունքների համադրումը հիվանդի տեղեկատվության հետ, պետք է իրականացվեն Կենսաինֆորմատիկայի ընդհանուր ռեսուրսից կամ Biostatistics ընդհանուր ռեսուրսից փորձագետների ներգրավմամբ: ATG- ի աշխատակազմը կարող է օգնել փոխհամագործակցություն հաստատել համապատասխան մասնագետների հետ, որոնք պետք է ներգրավվեն ի սկզբանե ՝ օգնելու փորձարարական ձևավորմանը և որակի վերահսկմանը:
Հնարավոր է, որ NGS տվյալների գեներացման գործընթացում ներգրավված բարդ գործընթացը առաջացնի «օրվա էֆեկտ» կամ «խմբաքանակի էֆեկտ», որում նմուշները մշակվում կամ վերլուծվում են նույն տվյալների կլաստերի վրա միասին: Սա տվյալների մեծ ծավալների վերլուծության հայտնի արտեֆակտ է, և մենք ներառում ենք արագ կառավարման համակարգեր, որոնք կօգնեն մեզ բացահայտել և հեռացնել տվյալների այս տեսակի խնդիրները:
ATG- ի ընդհանուր ռեսուրսը ունի բիոինֆորմատիկայի փորձագետների թիմ, որոնք կկատարեն տվյալների նախնական վերլուծությունը, և ովքեր կառավարելու և պահուստավորելու են տվյալները: Նրանք կարող են իրականացնել վերլուծությունների առավել պարզ տեսակներ (օր. RNA-seq- ից գենի արտահայտում): Այնուամենայնիվ, վերլուծությունների բարդ կամ հարմարեցված տեսակները կպահանջեն լրացուցիչ կենսապահովագրական կամ բիոինֆորմատիկայի ընդհանուր ռեսուրսների լրացուցիչ մասնագետների ներդրում: ATG- ի աշխատակիցները կարող են օգնել ստեղծել անհրաժեշտ համագործակցություններ:
Ստուգումը յուրաքանչյուր NGS փորձի կարևոր մասն է, և պահանջները տարբերվում են `կախված փորձի տեսակից: Խնդրում ենք կապվել ATG- ի աշխատակազմի հետ `քննարկելու NGS արդյունքների ստուգման տարբերակները:
Հաստատության տնօրեն, Scott A. Ness, բ.գ.թ.., կարող է տրամադրել աջակցության նամակներ և խորհուրդներ այն մասին, թե ինչպես նկարագրել ATG Shared Resource- ը և հնարավոր NGS փորձերը դրամաշնորհային հայտերում: Դոկտոր Նեսը ծառայել է NIH, ACS և DOD ուսումնասիրությունների բազմաթիվ բաժիններում և ուսումնասիրել է դրամաշնորհների բազմաթիվ հայտեր, որոնք ներառում են NGS փորձեր: Նրա կողմից ֆինանսավորվող դրամաշնորհները ունեն NGS փորձեր: Նա կարող է օգնություն տրամադրել ձեր դրամաշնորհի բաժինները գրելու համար NGS փորձերի վերաբերյալ և կարող է մատնանշել հնարավոր որոգայթներն ու բաները, որոնցից պետք է խուսափել:
NGS- ի փորձը քննադատելու ամենադյուրին ճանապարհը `այն որակել որպես ձկնորսական արշավ: Ահա որոշ բաներ, որոնցից անպայման պետք է խուսափել:
- Մի առաջարկեք բնութագրել գեները, որոնք դեռ չեք հայտնաբերել: Եթե նախնական տվյալներ չունեք, չգիտեք, թե ինչ գեներ կամ քանի գեն կգտնեք: Այնուամենայնիվ, դրանց թիվը, հավանաբար, հարյուրավոր կլինի: Ուղղակի ասելը, որ որոշ հետաքրքիր գեներ եք ընտրելու ուսումնասիրելու համար, ձեր դրամաշնորհի վրա վատ միավոր ստանալու արագ միջոց է: Հնարավորության դեպքում ձեր փորձը պետք է ստուգի վարկածը: Օրինակ, դուք կարող եք ենթադրել, որ որոշ գեների (օրինակ ՝ ապոպտոզ գեներ) հարուցում կստանան: Այնուհետև կարող եք առաջարկել օգտագործել NGS անալիզներ դա փորձարկելու համար (և իրական ժամանակում PCR առաջարկել որպես պահուստային մոտեցում): Այդ կերպ Դուք կարող եք ստուգել վարկածը, առաջարկել սպասվող արդյունքներ և հսկողություն (օրինակ ՝ գեները, որոնք պետք է բարձրանան և իջնեն), ինչը NGS (կամ որևէ այլ փորձ) կատարելու շատ ավելի լավ միջոց է: Ուղղակի գեների որս գնալը վատ մոտեցում է և միշտ առաջ է բերում վերանայման հանձնաժողովի զայրույթը:
- Պարզապես ասելով, որ դուք կօգտագործեք որոշ ծրագրային ապահովման տվյալներ վերլուծելու կամ գեները ուղիների մեջ խմբավորելու համար, դա նույնպես ձեզ փորձանքի մեջ կդնի: NGS տվյալները կարող են լինել չափազանց բարդ և վերլուծության համար կպահանջվեն վիճակագրական մեթոդներ: Theանապարհի տվյալները, որոնք հայտնի են, ցավալիորեն թերի են: Համենայն դեպս, գեների մեծ մասը ուղիներում չէ: Տվյալները վերլուծելու համար ձեզ հարկավոր է լավ պլանավորված մոտեցում: Դուք պետք է որ ունենաք փորձը աշխատելու, թե ոչ ասելու ձև (օրինակ ՝ ակտիվացվեցին ապոպտոզի սպասվող գեները):
- NGS փորձը չպետք է լինի պարզապես պարբերություն `ձեր նպատակներից մեկի վերջում: Ինչ էլ որ անեք, բացարձակապես մի ավելացրեք NGS փորձ `դրամաշնորհի հայտի ավարտին, որպես մի բան, որը դուք« նույնպես կանեք »: NGS- ի փորձերը մեծ են, թանկ և բարդ, և դրանք հնարավոր չէ անել որպես հետագա միտք: Շատ ու շատ դրամաշնորհներ ունեն NGS փորձի մեկ պարբերության նկարագրություն, որը կանեն նաև հետազոտողները: Դա կայծակնային գավազան է գրախոսողների կողմից քննադատության համար:
- Եթե դուք գեներ եք փնտրում, ապա պետք է նրանց ինչ-որ պատճառով փնտրեք: Մի առաջարկեք պարզապես փնտրել կարգավորվող գեներ ՝ առանց նրանց հետ ինչ-որ բան առաջարկելու առաջարկելու: Գնալով վեր ու վար գեները գտնելը բավական նշանակալի նպատակ չէ: Դուք պետք է գեներ փնտրեք ՝ հաշվի առնելով որոշակի նպատակներ (օրինակ ՝ որոշ վարկածներ, որոնք պետք է ստուգվեն):