Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկա
Անալիտիկ և թարգմանչական գենոմիկայի (ATG) համատեղ ռեսուրսը կարևոր է քաղցկեղի հիմնական, կլինիկական և բնակչության վրա հիմնված հետազոտությունների առաջխաղացման համար: Այն UNMCCC անդամներին և ոչ անդամներին առաջարկում է ծախսարդյունավետ և համապարփակ գենոմիկ վերլուծության ծառայություններ, ներառյալ հաջորդ սերնդի հաջորդականացումը (NGS), միաբջիջ ՌՆԹ հաջորդականացումը (scRNA-seq), տարածական գենոմիկան, նախնական տվյալների վերլուծությունը և ֆունկցիոնալ գենոմիկայի վերլուծությունների աջակցությունը:
և գենոմիկայի հետ կապված այլ տեխնոլոգիաներ։
Համօգտագործվող ռեսուրսը ֆինանսավորվում է ՄԱԿ-ի Քաղցկեղի համապարփակ կենտրոնի կողմից՝ CCSG-ի հիմնական դրամաշնորհի P30CA118100 և լրացուցիչ ֆինանսավորման, ինչպես նաև NM նահանգից ստացված միջոցների և օգտագործողների վճարների միջոցով:
Բանիմաց անձնակազմը հասանելի է խորհրդատվության համար՝ օգնելու օգտատերերին հնարավորինս լավագույն փորձեր ստեղծելու և ստացված տվյալների որակի օպտիմալացման հարցում:
Ֆակուլտետի տնօրեն
Վիշվանաթան Պալանիսամի, Բ.գ.դ.
Պրոֆեսոր, Internal Medicine/ Մոլեկուլային բժշկություն
Հեռ.՝ (505) 272-0652
Տեխնիկական տնօրեն / բիոինֆորմատիկա
Քեթրին (Չարլի) Բրեյեր, բ.գ.թ. | CRF G22A
Ավագ տեխնիկական անձնակազմ
Քել Քուք, փիլիսոփայության դոկտոր | CRF 118, Հեռ.՝ (505) 272-5564
Magdalena (Maggie) Cyphery | CRF 119, Հեռ.՝ (505) 272-5564
Վերլուծական և թարգմանչական գենոմիկա
ATG-ն հասանելի է Նյու Մեքսիկոյի համալսարանի (UNM) և դրա հետ կապված հաստատությունների բոլոր հետազոտողներին: Այնուամենայնիվ, կարևոր է, որ դուք հղում տաք P30CA118100-ին և նշեք ATG-ն, ինչպես նաև UNMCCC-ի այլ համատեղ օգտագործվող ռեսուրսները, որոնք օգտագործվել են տվյալները ստեղծելու համար:
Մեր ներդրումները գնահատելու համար խնդրում ենք ձեր ձեռագրերի շնորհակալության բաժնում ներառել հետևյալ տեքստը.
Այս ուսումնասիրությունը մասնակի ֆինանսավորում է ստացել ՄԱԿ-ի քաղցկեղի համապարփակ կենտրոնի աջակցության դրամաշնորհից NCI P30CA118100 և օգտագործել է Analytical and Translational Genomics Shared Resource-ը:.
Հիմնական ծառայություններ, տեխնոլոգիաներ և սարքավորումներ
Բարձր թողունակությամբ ԴՆԹ-հաջորդականություն և ՌՆԹ-հաջորդականություն։ ATG-ն առաջարկում է ամբողջական գենոմի հաջորդականացում, զանգվածային RNA-seq, ChIP-seq, RIP-seq, էկզոմի և փոքր RNA վերլուծություն՝ օգտագործելով Singular Genomics G4 հաջորդականացուցիչը: Սկզբնական նյութը կարող է ներառել բջիջներ, թուք, արյուն և FFPE կամ թարմ սառեցված պաթոլոգիական նմուշներ:
10x գենոմիկայի միաբջիջ հաջորդականացում։ Օգտագործելով 10x Genomics Chromium կարգավորիչը, Countess II ավտոմատացված բջջային հաշվիչի և Miltenyi gentleMACS Octo Dissociator-ի հետ միասին՝ միաբջիջ կախույթներ ստեղծելու համար, ATG-ի աշխատակիցները պատրաստում են նմուշները և կառուցում NGS գրադարաններ ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի NGS-ի համար։
10x Visium-HD և Xenium in situ՝ ամբողջական տրանսկրիպտոմի և թիրախային գեների արտահայտման վերլուծության համար։ Մարդու հյուսվածքների պահոցի և հյուսվածքների վերլուծության (HTR-TA) համատեղ ռեսուրսների հետ համագործակցությամբ, ATG-ն առաջարկում է թարմ սառեցված և FFPE հյուսվածքների տարածական ամբողջական տրանսկրիպտոմային վերլուծություն՝ օգտագործելով 10x Genomics-ի Visium-HD և Xenium in situ տարածական գեների արտահայտման տեխնոլոգիաները: Visium HD տարածական գեների արտահայտումը սահմանազատում է ամբողջական հյուսվածքային հատվածների ամբողջական տրանսկրիպտոմը՝ ապահովելով ձևաբանական համատեքստ և բարձր բջջային լուծաչափ: Xenium in situ-ն հնարավորություն է տալիս բարձր թողունակությամբ ենթաբջջային քարտեզագրել մինչև 5,000 գե՝ նույն հյուսվածքային հատվածում բազմապատկված սպիտակուցների հետ միասին, որոնք ստացվել են HTR-TA-ի հետ համագործակցությամբ՝ նմուշների պատրաստման համար:
NGS տվյալների վերլուծություն, scRNA-seq և փոխազդեցություններ Կենսաստատիստիկայի և Կենսաինֆորմատիկայի ու Տվյալների Գիտության (BDS) համատեղ ռեսուրսների հետ։ ATG-ն համակարգվում է Կենսատեղեկատվական և BDS համատեղ ռեսուրսների հետ՝ որակի վերահսկման վերլուծություններ հաստատելու և G4-Singular տվյալների համար տվյալների վերլուծության խողովակաշարեր մշակելու համար, ներառյալ ԴՆԹ նմուշներից միանուկլեոտիդային տարբերակի (SNV) հայտնաբերումը, գեների արտահայտման վերլուծությունը, ՌՆԹ-ից տարբերակների վերլուծությունը, scRNA-seq տվյալները, RNA-seq-ից միաձուլման տրանսկրիպտների հայտնաբերումը և պատճենների համարի տարբերակի (CNV) վերլուծությունը: Մշակված ֆայլերը պահվում են մեր անվտանգ AWS ամպային հաշվի մեջ և օգտագործվում են ATG անձնակազմի կամ BDS-ի կողմից հետագա վերլուծությունների համար՝ օգտագործելով հարմարեցված R սկրիպտներ: ATG տեխնիկական տնօրեն Բրեյերը կատարում է կրկնակի դեր՝ որպես ավագ կենսաինֆորմատիկայի մասնագետ և կապող օղակ Կենսատեղեկատվական և BDS համատեղ ռեսուրսների հետ՝ ուսումնասիրության նախագծումը և տվյալների վերլուծությունը հեշտացնելու համար:
Տվյալների պահպանում և հաշվարկներ։ ATG-ն պահպանում է անվտանգ, HIPAA-ի համապատասխան և IRB-ի կողմից հաստատված AWS հաշիվ, որտեղ կարող են պահվել և վերլուծվել մեծ տվյալների հավաքածուներ: Բոլոր տվյալները անանունացվում են, կոդավորվում են փոխանցման ընթացքում և պահվում: Մուտք ունեն միայն լիազորված օգտատերերը, ինչը պահանջում է երկփուլ նույնականացում: Գենոմիկ տվյալների անվտանգության համար ATG-ն հետևում է NIH-ի վերահսկվող մուտքի տվյալների անվտանգության լավագույն պրակտիկայում նշված քաղաքականություններին, որոնք ենթակա են NIH-ի գենոմիկ տվյալների փոխանակման քաղաքականությանը:
Այլ ծառայություններ: ATG-ն ունի Agilent BioAnalyzer, Qubit ֆլուորոմետր, Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator՝ տաքացուցիչներով (հյուսվածքից միաբջիջ կախույթներ ստանալու համար), Countess II ավտոմատացված բջջային հաշվիչ և ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, որոնք հասանելի են UNMCCC անդամների օգտագործման համար: Qiagen EZ2 ԴՆԹ/ՌՆԹ արդյունահանման ռոբոտը հասանելի է մեծ ծավալի, ավտոմատացված նուկլեինաթթվի արդյունահանման համար:
ATG-ն կարող է հաջորդականացնել հետևյալ տեսակները.
- Մուտացիաների կամ գենային տարբերակների հայտնաբերում. Սա կարող է ներառել ուռուցքի գենետիկական մուտացիաների մակարդակի գնահատում, որոշակի քաղցկեղի կամ հիվանդության գենետիկական տատանումների վերլուծություն կամ գնահատում, թե ինչպես են բջիջները արձագանքում ԴՆԹ-ի վնասմանը վնասվածքից կամ բուժումից հետո: Որպես կանոն, դա ձեռք է բերվում նպատակային գենային վահանակի հաջորդականության միջոցով՝ քաղցկեղի կամ որոշ հիվանդությունների հետ կապված գեների վերլուծության համար:
- Գենային արտահայտման ուսումնասիրություններ. Բջիջների, հյուսվածքների, օրգանոիդների կամ հիվանդների նմուշների տրանսկրիպցիոն պրոֆիլավորում՝ որպես առանձին բջիջներ կամ ավելի մեծ քանակությամբ:
- Քրոմատինի վիճակի վերլուծության մի շարք փորձարկումներՀասանելի են ԴՆԹ-ի մեթիլացման ուսումնասիրություններից մինչև ATAC անալիզներ մինչև Chip-seq:
- Չկոդավորող ՌՆԹ-ների ուսումնասիրություն ինչպիսիք են ncRNA-ները, lincRNA-ները, miRNA-ները և tRNA-ները։
Խնդրում ենք կապվել կամ Կել Կուկի հետ (kelcook@salud.unm.edu) կամ Քեթրին Բրեյեր (kbrayer@salud.unm.edu) խորհրդակցություն նշանակելու համար:
ATG օգտագործում iLab- ը հաշվարկի համար:
վերաբերյալ հարցերի համար iLabs կամ ընդհանուր ռեսուրսում օգտագործելու համար հաշվի/PR կարգավորումների համար, խնդրում ենք էլ Palakshi Reddy Bandapalli կամ զանգահարել 505-272-4539.
Genomics Instruments
Singular Genomics G4 սեքվենսորը
- Ճկուն և արագ զուգակցված վերջավոր հաջորդականություն
- Կարող է արտադրել մինչև 1.6 միլիարդ 2 x 150 bp ընթերցում 24 ժամում
- Կարող է կազմաձևվել ընթերցման տարբեր երկարությունների համար
- Համատեղելի է գրեթե բոլոր գրադարանների հետ, որոնք կարելի է հաջորդականացնել Illumina գործիքների վրա:
Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.singulargenomics.com/
10x Genomics Chromium iX
- Բջիջները կամ միջուկները բաժանում է մեկ բջջի հաջորդականության համար
- Գրավում է ՌՆԹ, սպիտակուց և/կամ քրոմատին
- Գենի էքսպրեսիայի վերլուծություն, իմունային բջիջների ռեպերտուար, քրոմատին հասանելիություն, CRISPR խանգարումներ
- Մուտքերը տարբերվում են ըստ վերլուծության, բայց ներառում են կենդանի բջիջների կասեցումներ, միջուկներ, ֆիքսված բջիջներ, սառեցված հյուսվածքներ և FFPE բլոկներ: Առկա են տեսակների ագնոստիկ անալիզներ
Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series
10x Genomics Xenium անալիզատոր
- Տարածական տրանսկրիպտոմիկայի պատկերավորման հարթակ
- Ենթաբջջային լուծում
- Կարող է գրավել մինչև 5,000 գեն
- Բազմաթիվ նախապես մշակված գենային վահանակներ, որոնք կարող են հետագայում հարմարեցվել (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)
Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium
10x Genomics CytAssist-ը
- Հեշտացնում է Visium և Visium HD տարածական տրանսկրիպտոմիկայի վերլուծությունները
- Սկսեք FFPE բլոկներից կամ նախապես կտրված FFPE և թարմ սառեցված հատվածներից
- Համատեղելի է H&E կամ իմունֆլյուորեսցենտով ներկված հատվածների հետ
Լրացուցիչ տեղեկությունների համար: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist
- Agilent BioanalyzerՎերլուծել ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի որակը/քանակը` օգտագործելով նվազագույն մուտքերը: (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
- Qubit II ֆտորոմետրԴՆԹ և ՌՆԹ քանակականացում:
- ThermoFisher/Invitrogen Countess IIՀաշվեք բջիջները և քանակականացրեք կենդանի բջիջների մասնաբաժինը նմուշում:
- Miltenyi Biotec նուրբ MACS Octo Dissociator ջեռուցիչներովՀյուսվածքների նմուշները տարանջատել մինչև միաբջջային հաջորդականությունը:
- Qiagen EZ2ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի ավտոմատացված արդյունահանում:
- ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR։ Իրական ժամանակի ՊՇՌ համակարգ՝ 96 և 384-հոսանքային բլոկներով՝ գեների արտահայտման վերլուծությունների ճկունություն և հեշտություն ապահովելու համար։
Ընտրված գործիքներ հասանելի են ՄԱԿ-ի ազգային շարժման համայնքի որակավորված և վերապատրաստված անդամների օգտագործման համար: Համօգտագործվող գործիքները հասանելի են սովորական աշխատանքային ժամերին և այլ ժամանակ՝ հատուկ պայմանավորվածությամբ: Խնդրում ենք կապ հաստատել ATG Facility-ի անձնակազմի հետ՝ վերլուծությունների և գնագոյացման մասին լրացուցիչ տեղեկությունների համար:
ATG ՀՏՀ
Սրանք ուղեցույցներ են հետազոտողների համար, որոնք մտածում են ATG- ի ընդհանուր ռեսուրսից հաջորդ սերնդի հաջորդականության (NGS) ծառայությունների օգտագործման մասին: Բոլոր հետազոտողները կոչ են անում նախքան նմուշներ պատրաստելը կամ վերլուծելը սկսելը խորհրդակցել ATG- ի անձնակազմի հետ: Մենք կարող ենք օժանդակել փորձարարական ձևավորմանը և, անհրաժեշտության դեպքում, կապ հաստատել ձեզ փորձառու կենսակենսաբանների հետ, որոնք կարող են օգնել փորձարարական ձևավորման հարցում: Շատ կարևոր է հաշվի առնել փորձնական դիզայնը նախքան NGS փորձերը սկսելը, ինչը կարող է բավականին թանկ լինել:
Զանգվածային RNA-seq-ը կարող է հաջողությամբ իրականացվել ՌՆԹ-ի նվազագույն քանակով, ընդամենը 1 նգ mRNA-ի: ATG-ն ստուգում է դրանց ամբողջականությունը (RIN) ՌՆԹ-ներ ստանալուց հետո՝ օգտագործելով Agilent Bioanalyzer: RNA-seq-ի համար առաջարկվող մուտքերն են 150 նգ ընդհանուր ՌՆԹ բարձրորակ ՌՆԹ-ների համար և 250 նգ՝ քայքայված ՌՆԹ-ների համար (օրինակ՝ FFPE RNA): Այնուհետև ՌՆԹ-ները ribodepleted են՝ հեռացնելու անցանկալի rRNA-ն, որը կազմում է բջիջների ՌՆԹ-ի ~90%-ը:
NGS փորձերը կարող են թանկ լինել, և ծախսերը տարբեր են՝ կախված տվյալ վերլուծությունից: Բացի այդ, ընդհանուր արժեքը կախված է գրադարանների կառուցման համար օգտագործվող հավաքածուից և պահանջվող հաջորդականության խորությունից: Խնդրում ենք կապ հաստատել անձնակազմի հետ՝ լրացուցիչ տեղեկություններ ստանալու և գնանշումներ ստանալու համար:
NGS-ի վերլուծությունները արտադրում են ընդարձակ, բարդ տվյալների հավաքածուներ, որոնք պարունակում են հսկայական քանակությամբ տեղեկատվություն, բայց կարող են նաև դժվար լինել վերլուծել: ATG-ի համօգտագործվող ռեսուրսը տրամադրում է վերլուծության առաջին մակարդակը, ներառյալ որակի վերահսկման պարամետրերի վերլուծությունը, ընթերցումների համապատասխանեցումը համապատասխան գենոմի հետ, ըստ անհրաժեշտության սահմանելով հաջորդականության տարբերակները կամ առանձնահատկությունների քանակը:
ATG Shared Resource-ն ունի բիոինֆորմատիկայի փորձագետների թիմ, որոնք կկատարեն նախնական տվյալների վերլուծությունը և կառավարելու և կրկնօրինակելու տվյալները: Նրանք կարող են կատարել վերլուծությունների առավել պարզ տեսակները (օրինակ՝ գեների էքսպրեսիա RNA-seq-ից): Ավելի խորը վերլուծություն, օրինակ՝ արդյունքների համադրումը հիվանդի տեղեկատվության հետ, պետք է կատարվի Կենսաինֆորմատիկայի համօգտագործվող ռեսուրսի կամ կենսավիճակագրության ընդհանուր ռեսուրսի տվյալների հետ: ATG-ի անձնակազմը կարող է օգնել ստեղծել փոխգործակցություն համապատասխան փորձագետների հետ, որոնք պետք է ի սկզբանե ներգրավվեն փորձարարական դիզայնի և որակի վերահսկման հարցում: Խնդրում ենք քննարկել ձեր վերլուծության կարիքները անձնակազմի անդամների հետ:
Ստուգումը յուրաքանչյուր NGS փորձի անբաժանելի մասն է, և պահանջները տարբերվում են՝ կախված փորձի տեսակից: Խնդրում ենք կապ հաստատել ATG-ի անձնակազմի հետ՝ քննարկելու NGS արդյունքները ստուգելու տարբերակները:
Հաստատության տնօրեն Վիշվանաթան Պալանիսամին, բ.գ.թ., կարող է տրամադրել աջակցության նամակներ և խորհուրդներ ATG-ի Համօգտագործվող ռեսուրսների և հնարավոր NGS փորձերը դրամաշնորհային հայտերում նկարագրելու վերաբերյալ: Դոկտոր Պալանիսամին ծառայել է NIH-ի, ACS-ի և DOD-ի բազմաթիվ ուսումնասիրությունների բաժիններում և վերանայել բազմաթիվ դրամաշնորհային դիմումներ, ներառյալ NGS փորձերը: Նրա սեփական ֆինանսավորվող դրամաշնորհներն ունեն NGS փորձեր: Նա կարող է օգնել գրել ձեր դրամաշնորհի բաժինները NGS փորձերի վերաբերյալ և նշել հնարավոր որոգայթները և խուսափելու բաները:
NGS- ի փորձը քննադատելու ամենադյուրին ճանապարհը `այն որակել որպես ձկնորսական արշավ: Ահա որոշ բաներ, որոնցից անպայման պետք է խուսափել:
- Մի առաջարկեք բնութագրել գեները, որոնք դեռ չեք հայտնաբերել: Եթե դուք չունեք նախնական տվյալներ, ապա չգիտեք, թե ինչ գեներ կամ քանի գեն կգտնեք։ Այնուամենայնիվ, նրանք, հավանաբար, կհասնեն հարյուրների: Պարզապես ասելը, որ դուք կընտրեք որոշ հետաքրքիր գեներ ուսումնասիրելու համար, ձեր դրամաշնորհից վատ գնահատական ստանալու արագ միջոց է: Հնարավորության դեպքում ձեր փորձը պետք է փորձարկի վարկած: Օրինակ, դուք կարող եք ենթադրել, որ որոշ գեներ (օրինակ՝ ապոպտոզի գեներ) կառաջանան: Այնուհետև կարող եք առաջարկել օգտագործել NGS անալիզներ՝ դա փորձարկելու համար (և առաջարկել իրական ժամանակի PCR որպես պահեստային մոտեցում): Այդպիսով դուք կարող եք ստուգել վարկածը, առաջարկել ակնկալվող արդյունքներ և վերահսկում (օրինակ՝ գեներ, որոնք պետք է բարձրանան և իջնեն), ինչը շատ ավելի լավ միջոց է NGS (կամ որևէ այլ փորձ) կատարելու համար: Պարզապես գեների համար ձկնորսությունը վատ մոտեցում է և միշտ առաջացնում է վերանայման հանձնաժողովի զայրույթը:
- Պարզապես ասելով, որ դուք կօգտագործեք ինչ-որ ծրագրային ծրագիր՝ տվյալները վերլուծելու կամ գեները ուղիներով խմբավորելու համար, նույնպես ձեզ դժվարության մեջ է գցելու: NGS տվյալները կարող են չափազանց բարդ լինել և վերլուծության համար կպահանջեն վիճակագրական մեթոդներ: Ճանապարհի տվյալները, որոնք հայտնի են, ցավալիորեն թերի են: Գեների մեծ մասը, այնուամենայնիվ, ուղիներում չեն: Տվյալների վերլուծության համար ձեզ հարկավոր կլինի լավ ծրագրված մոտեցում: Դուք պետք է կարողանաք ասելու՝ փորձն աշխատե՞լ է, թե՞ ոչ (օրինակ՝ ակնկալվող ապոպտոզի գեները ակտիվացե՞լ են):
- NGS փորձը չպետք է լինի պարզապես պարբերություն `ձեր նպատակներից մեկի վերջում: Ինչ էլ որ անեք, բացարձակապես մի ավելացրեք NGS փորձ `դրամաշնորհի հայտի ավարտին, որպես մի բան, որը դուք« նույնպես կանեք »: NGS- ի փորձերը մեծ են, թանկ և բարդ, և դրանք հնարավոր չէ անել որպես հետագա միտք: Շատ ու շատ դրամաշնորհներ ունեն NGS փորձի մեկ պարբերության նկարագրություն, որը կանեն նաև հետազոտողները: Դա կայծակնային գավազան է գրախոսողների կողմից քննադատության համար:
- Եթե դուք գեներ եք փնտրում, ապա պետք է նրանց ինչ-որ պատճառով փնտրեք: Մի առաջարկեք պարզապես փնտրել կարգավորվող գեներ ՝ առանց նրանց հետ ինչ-որ բան առաջարկելու առաջարկելու: Գնալով վեր ու վար գեները գտնելը բավական նշանակալի նպատակ չէ: Դուք պետք է գեներ փնտրեք ՝ հաշվի առնելով որոշակի նպատակներ (օրինակ ՝ որոշ վարկածներ, որոնք պետք է ստուգվեն):